Pesantren Bina Insan Mulia menerapkan sistem pendidikan yang menjadikan nilai-nilai Islam dan etika cultural sebagai basis pembentukan akhlak. Para santri dibina dan dibimbing untuk menjalin hubungan dengan Allah dan hubungan dengan sesama makhluk sebaik mungkin.
Sistem pendidikan di Pesantren Bina Insan Mulia menitik beratkan pada substansi pengajaran yang dibutuhkan masyarakat sehingga lebih banyak membekali keilmuan dan keahlian terapan. Tujuannya adalah agar para santri dapat benar-benar menjadi pemimpin bagi umat di masyarakat.
Pengalaman pengasuh Pesantren Bina Insan Mulia selama menempuh ilmu di Universitas Al-Azhar Mesir telah memberikan corak tersendiri. Kurikulum pesantren lebih banyak mengacu kepada pendidikan sekolah Tsanawiyah Al-Azhar Mesir dimana selain para santri dibekali ilmu keagamaan, mereka juga dibekali keterampilan professional untuk menjawab kebutuhan masyarakat modern.
Bina Insan Mulia menerapkan seluruh aspek pendidikan secara komprehensif. Jika pendidikan dilihat dari aspek trilogy pendidikannya dimana rumah (keluarga), sekolah, dan lingkungan adalah sumber pendidikan, maka di Pesantren Bina Insan Mulia telah tersedia dan bekerja dengan aktif tiga sumber pendidikan itu.
Jika melihat pendidikan dari aspek unsur manusia yang terdiri atas mental-spiritual, emosional-sosial, inteketual, dan fisikal, maka pendidikan yang berlangsung di Pesantren Bina Insan Mulia telah menyasar pada pengembangan seluruh unsur manusia tersebut. Para santri dididik selama 24 jam untuk mengembangkan aspek afektif, kognitif, dan psikomotoriknya.
Bahkan jika mengaitkan proses pendidikan dengan upaya meningkatkan kecerdasan manusia, yaitu Kecerdasan Emosional (Emotional Quotient–EQ) dan Kecerdasan Spiritual (Spritual Quotient-SQ), untuk menyertai Kecerdasan Intelektual Quotient (IQ), maka Bina Insan Mulia telah menyelenggarakan berbagai macam aktivitas pendidikan yang berdampak besar pada tumbuh-kembangnya kecerdasan manusia itu.
Totalitas pendidikan yang dijalankan di Pesantren Bina Insan Mulia ini diwujudkan kedalam sistem pembelajaran formal, non-formal, kegiatan intrakurikuler dan ekstrakurikuler. Para santri diwajibkan tinggal di asrama dan kampus selama 24 jam X 7 hari. Orang tua / wali santri dituntut kepercayaan penuh dan menjalin kerjasama dengan pesantren.
Dalam melaksanakan strategi pendidikan, Bina Insan Mulia telah menjalankan program pendidikan kedalam jadwal kegiatan harian, mingguan, bulanan, dan tahunan untuk memastikan bahwa seluruh waktu kehidupan santri bermanfaat bagi pengembangan dirinya dan sebagai bekal nanti di masyarakat.
JADWAL HARIAN
| Waktu | Kegiatan |
| 04.00 – 06.00 | Bangun tidur, shalat malam , shalat subuh dilanjutkan dengan membaca Al-Quran, tausiah dari pengasuh pesantren, dan setoran bacaan Al-Quran atau tahfidz |
| 06.00 – 06.30 | Pembelajaran bahasa Inggris |
| 06.30 – 07.30 |
Mandi pagi dan sarapan pagi
Shalat Dhuha berjamaah Masuk sekolah SMP atau SMK sesuai tingkatan |
| 07.30 – 12.00 | Pembelajaran di kelas sesuai tingkatan |
| 12.00 – 15.00 | Sholat dhuhur, makan siang, dan istirahat |
| 15.00 – 17.30 | Shalat ashar, pengajian kitab kuning, olah raga, mandi sore, dan makan |
| 17.30 – 19.30 | Persiapan shalat maghrib, shalat maghrib, mutolaah Al-Quran dan muzakarah pelajaran |
| 19.30 – 20.30 | Sholat isya dan pengajian kitab kuning |
| 20.30 – 22. 00 | Muzakarah pelajaran |
| 22.00 – 04.00 | Tidur |
JADWAL PEKANAN (MINGGUAN)
Jumat
18.30 – selesai: Tahlil dilanjutkan dengan marhaban
20.00 – selesai: Latihan pidato
Sabtu
15.30 – selesai: Latihan kepramukaan
Ahad
05.15 – selesai: Lari pagi
07.30 – selesai: Pencak silat
15.30 – selesai: Praktek dan latihan kesenian
JADWAL BULANAN
Istighosah dan Pengajian bulanan dilaksanakan pada setiap hari Minggu, di Minggu pertama setiap bulan
JADWAL TAHUNAN
Penerimaan dan seleksi Calon Siswa Baru pada awal Januari
Orientasi penerimaan santri baru dilaksanakan pada awal tahun ajaran baru
Haul Pondok Pesantren Bina Insan Mulia Tanggal 15 s.d 21 Desember